El nombre de Yunquera proviene del término latino “Iuncaria” y significa “abundancia de juncos”. Ciertamente, el pueblo ha crecido, desde sus orígenes, alrededor de un arroyo que tenía mucha vegetación en sus orillas –incluidos juncos- y de varias fuentes. Se le añadió el “apellido” de Henares en 1916, para distinguirlo de otras yunqueras.
En cuanto a la razón de su desarrollo, no ha sido otra que la bonanza de sus tierras de labor, formadas por sucesivas capas de sedimentos y regadas por el río Henares. La consecuente riqueza agrícola ha sido el eje sobre el que ha girado la vida de los yunqueranos desde los tiempos más remotos hasta las últimas décadas.
Se conocen diversos datos y restos arqueológicos que atestiguan la existencia de pobladores en nuestras tierras desde la época romana, entre los siglos I al IV d. C., aunque cabe apuntar algunos hallazgos de materiales de época prehistórica, más concretamente de algunos asentamientos de época celtibérica, en la zona de “la Granja “ y los cerros del otro lado del río Henares.
De los romanos se han hallado materiales (cimientos de casas, inscripciones en piedra, monedas, ajuares, etc) en diversas zonas del municipio, cerca del rio y del probable trazado de la famosa calzada romana que unía Emérita-Augusta (Mérida) con Caesar-Augusta (Zaragoza), pasando por Complutum (Alcalá de Henares), Arriaca (Guadalajara) y Segontia (Sigüenza).
Más difícil resulta aventurar hipótesis sobre nuestros antepasados en los largos siglos medievales, si bien podemos asegurar que la vida de la entonces aldea de Yunquera –aunque quizás habría que hablar del poblado de Majanar, asentado junto al arroyo del mismo nombre- estuvo firmemente ligada a los avatares históricos que afectaron a la ciudad de Guadalajara. Así sabemos que, al igual que ésta última y la cercana villa de Hita, fue reconquistada a los musulmanes por las tropas de Alfonso VI, allá por el siglo XI (1081 – 1085). Tres siglos más tarde, encontramos a Yunquera formando parte del Alfoz –Común de Villa y Tierra- de Guadalajara, exactamente dentro del sexmo o distrito de Málaga.
Ya en época bajomedieval, en el transcurso de un par de años, –1428 a 1430-, la historia de Yunquera sufre una serie de cambios muy significativos desde el punto de vista jurisdiccional. En 1428 es segregada, junto a otras 11 aldeas, del Alfoz de Guadalajara y pasa a formar parte de la dote que recibe la infanta doña Catalina de su hermano, el rey Juan II de Castilla, al contraer matrimonio con el infante Enrique, hijo del rey Fernando I de Aragón. Pero aquel mismo rey de Castilla nos devolvería, un año más tarde, a la jurisdicción de la Corona, si bien -posiblemente- con el rango de villa, otorgado por la citada infanta.
El día 18 de agosto de 1430 “parando mientes a los buenos, leales e señalados servicios que vos Yñigo López de Mendoza … me fecistes” , Juan II decide donar las 12 aldeas y lugares de Guadalajara confiscadas a su hermana, al marqués de Santillana, cabeza de la poderosa familia Mendoza. Desde este momento, y hasta la abolición de los señoríos nobiliarios del siglo XIX, la villa no dejará de formar parte de los vastos territorios mendocinos, aunque bien es cierto que, desde 1491, recaería en manos de una de sus ramas secundarias, la de los Lasso de Mendoza.
Los siglos modernos convirtieron a Yunquera en un claro ejemplo de municipio rural castellano, dirigido por un modesto número de hidalgos terratenientes y pecheros ricos que se repartían -con el respaldo de los señores de la villa- los cargos más representativos del concejo.
Al igual que en la mayor parte de Castilla, durante el siglo XVI vivirían los yunqueranos tiempos de expansión demográfica y económica, sobre todo bajo el señorío de don Francisco Laso de Mendoza (1502 – 1525). En estos años se construyeron nuestro palacio –hoy Ayuntamiento y Biblioteca Municipal- y la parte más interesante de nuestra iglesia, su fabulosa torre renacentista.
Mas esta época dorada sería truncada radicalmente por la epidemia de peste de 1599 –origen del voto a la Virgen de la Granja y de nuestras fiestas patronales-, cuyos efectos devastadores, sumados a una serie de sucesivas crisis agrarias a lo largo el s.XVII, perdurarían hasta bien entrado el “siglo de las luces”.
Hay que destacar un hecho ocurrido durante el s. XIX: la construcción del Canal del Henares, entre 1863 y 1866, como acontecimiento más decisivo de esa centuria. Este hecho, unido a la compra de las tierras del duque de Gor por sus colonos en 1941 (recién terminada la Guerra Civil) y la concentración parcelaria que se concretó en la década de 1950, determinó el desarrollo económico de este municipio agrícola.
A la vez, en los mismos años en que se hizo el Canal del Henares, se construyó también la línea de ferrocarril Madrid – Zaragoza – Barcelona que, al pasar por nuestro pueblo, sirvió para incluirlo en uno de los ejes de movimiento de personas y mercancías más importantes del país.
Las consecuencias de ambas infraestructuras, unidas a nuestra cercanía con Guadalajara y con Madrid, explican que Yunquera no sufriera un despoblamiento notable en los años de la emigración rural hacia las zonas industriales.
En los últimos años del siglo XX y principios del siglo XXI, asistimos a la transformación económica y social de un pueblo eminentemente agrícola a otro situado en pleno desarrollo urbanístico del Corredor del Henares.
De estos hechos y de todos los asuntos concernientes a la evolución económica, social, cultural y religiosa de los yunqueranos, han llegado hasta nosotros numerosos documentos escritos, los cuales se conservan, perfectamente custodiados, en nuestro Archivo Municipal.