Es el edificio más importante de nuestra localidad. En ella se pueden apreciar tres partes bien diferenciadas que corresponden a períodos, estilos y autores distintos. Estas partes son, por un lado, la torre (1520-1539) y por otro, las tres naves (1559-1584) y la cabecera (1621-1645).Está consagrada a San Pedro Apóstol y fue construida a largo de los siglos XVI y XVII, mezclando estilos arquitectónicos.
Destaca la altura de su torre, quizás el elemento más valioso de Yunquera de Henares. Su afilada punta y las cigüeñas que en ella habitan la iglesia aportan una singularidad notable al pueblo. Prácticamente desde que se sale de Guadalajara, se divisa su inconfundible silueta, reconocible a lo largo y ancho de la Campiña Baja. Es el elemento más valioso de todo el edificio, debido a su solidez arquitectónica y su decoración, considerándose una obra importante dentro de la arquitectura de la época. Su chapitel, sus finos pináculos y ventanas platerescas, dan pie a la grandiosidad y validez del arte de la época. El material empleado es la piedra, transportada de las canteras de Tamajón y labrada con una artística y rigurosa exactitud tanto en sillares como en elementos decorativos.
El campanario cuenta con cuatro huecos donde se ubicaban las correspondientes campanas: la del «Paño», llamada la «Grande», que está orientada al mediodía y se voltea en los días solemnes, la «Serrana» orientada al norte, la «Tabera» o «de la Virgen» a saliente y la «Relojera», llamada así porque el reloj estaba conectado a ella, a poniente.
El valor de las naves del templo radica en el hecho de que en su construcción intervinieron los dos maestros más importantes del siglo XVI español: Alonso de Covarrubias y Rodrigo Gil de Hontañon. La de Yunquera es de las llamadas «iglesias columnarias» cuya principal característica es que las naves laterales quedan separadas de la central por esbeltas columnas cilíndricas. Sobre las mencionadas columnas voltean los cuatro arcos descubiertos en la reciente restauración que sirven de apoyo al artesonado de madera y a la cubierta.
El cabecero corresponde al estilo renacentista más refinado dejándose ya entrever algunos de los postulados espaciales y decorativos del incipiente barroco (bóvedas de cañón con lunetos, decoración basada en yeserías con formas geométricas,…). La principal riqueza del templo es el templo en sí, ahora mismo uno de los mejor conservados de la provincia tras su reciente restauración en 1996, con aportaciones de diferentes organismos y particulares.
Presidido por las armas de una de las familias más poderosas de la provincia, de estilo renacentista, destaca por sus corredores, las columnas de piedra donde se pueden observar las armas de los Mendoza y Luna. Dichas columnas se apoyan en zapatas y correderas. En su conjunto, esta galería de mediados del XVI, está dentro del renacimiento Alcarreño o Mendocino.
La casa constaba de cuatro cuerpos que se cerraban en un gran patio central. A este se accedía por un portón con las armas de los Mendoza y los Luna en su parte superior. En la actualidad, este portón ya no existe.
Se conserva parte de su estructura originaria (dos de los cuatro cuerpos que la componían) y actualmente está habilitada para diversos usos como la biblioteca municipal, un aula de formación y la sede de ADAC. Las obras de restauración de este Palacio, uno de los edificios más importantes de la arquitectura rural de la provincia de Guadalajara, han acometido fachadas, artesonado, suelo, el acondicionamiento de salones para diversos usos ya citados, el cerramiento del patio con una magnífica verja de forja y se ha producido la ampliación del Palacio de los Mendoza para acoger el Ayuntamiento de Yunquera de Henares.
El Palacio de los Mendoza situado en la Plaza Mayor, con una fuente y arboledas en su conjunto, es uno de los sitios más acogedores de la Villa.
Además de por su singularidad (de gran valor son sus rejas), para Yunquera de Henares tiene un importante significado religioso a raíz de la leyenda de su aparición en estos lares, lo que hace que todos los pueblos de la Campiña la tengan como patrona. 400 años se cumplieron en 1999 de los votos que los yunqueranos hicieran a su patrona.
Hoy podemos observar la capilla mayor inaugurada en 1701 (15 de septiembre). Sin embargo la nave es de reciente construcción, con la fachada y su gran portón de medio punto, el frontal con sus tres angostos ventanales y las dos espadañas. Seis contrafuertes, adosados a los muros laterales.
En suma, se trata de un edificio grande y totalmente restaurado en el que se deja ver el primitivo estilo a base de aparejo de ladrillo y sillarejo. La ermita está rematada por dos torrecillas con sendas campanas cuyo sonido, al ser volteadas, se deja sentir a varios kilómetros de distancia.
Fijándonos bien, en la fachada exterior se distinguen las dos épocas bien diferenciadas. La antigua que corresponde a la capilla mayor y la más moderna que corresponde a la nave. Todo es un conjunto sólido y robusto dentro de una bella armonía. En su interior está la imagen de la Virgen en el trono de un magnífico retablo construído el año 1988 en los artesanos talleres de Horche.
Es uno de los parques naturales que más afluencia tiene dentro de nuestro entorno geográfico, así podemos observar gentes de Guadalajara, Alcalá e incluso de Madrid, amén de los pueblos de alrededor. A partir del mes de Abril esta afluencia es cada vez mayor, hasta el mes de Septiembre. Las gentes de Yunquera pasean, prácticamente a diario y sobre todo los domingos, para pasar la tarde, respirar ese aire fresco y visitar a su Patrona, la Virgen de la Granja.
Situada dentro del casco urbano destaca por su construcción rectangular de ladrillo visto. Entre sus particularidades destaca la presencia de unos capiteles con el escudo de los Mendoza, lo que demuestra su origen, fruto probablemente de alguna donación.
Probablemente antes de ser ermita debió ser humilladero donde existía una cruz, llamada «Cruz del Calvario», que según la leyenda era punto de encuentro entre el divagar de las gentes por el Camino de Aragón y Cataluña, hoy camino de Majanar.
Se accede por la puerta principal que da al mediodía bajo un sencillo pórtico exterior cuya techumbre está sujeto por dos columnas terminando en una torrecilla que alberga una pequeña campana.
La Ermita de San Isidro fue construida por la Hermandad de Labradores de Yunquera, en el año 1944.
Se trata de una pequeña capilla, de apenas 36 metros cuadrados, construida a base de ladrillo y sillarejo. Unos años más tarde de su edificación, se cubrió la entrada por una gran estructura metálica a modo de porche, posiblemente destinado a dar protección de la lluvia o del sol a los que se acercaban en romería a este paraje, denominado «El Paguillo». Recientemente se ha restaurado su entorno, disponiendo zonas ajardinadas que la embellecen y hacen más placentera su visita.
Cada 15 de mayo, se celebra en este lugar la festividad de San Isidro Labrador, patrón de los agricultores y ganaderos. La ceremonia se abre con la procesión con el Santo, cuyo particular escenario es la antigua carretera de Tamajón y el Canal del Henares, para celebrar a continuación la misa en la Ermita. Tras repartir los famosos trozos de pan -denominados chuscos- entre los asistentes, la celebración finaliza con una comida de hermandad en la que participan los labradores y las autoridades del municipio.